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^ A: agcgggtttgtcct B: -ggtggtttgtcct ^ ^^========== 23142 23302 25 none 63 17 Errors = 49 A: ggggcgttttttggttagtggagcgcgcgaacgctaaagatgtttggggtttcttgcttg B: ggggcgtttt-------------c-----a----t-----tg---gg--tt-at------ ==========^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^ ^^^^ ^^^^^ ^^^ ^^ ^^ ^^^^^^ A: ggtggtttaaaatgatcgcttga B: -------aaaaaggatcgcttga ^^^^^^^^ ^========== 23179 23338 53 none 12 11 Errors = 3 A: gctaattttttatttagattgcaaaaaacgcc B: gctaattttt-atttagatagtaaaaaacgcc ==========^ ^ ^========== 23233 23392 22 none 1 1 Errors = 1 A: aaaaaactttgtttggtggaa B: aaaaaactttatttggtggaa ==========^========== 23334 23548 71 none 79 134 Errors = 58 A: aattaaaaaa----ag----ctaaaag----a--aaa-gt-------c-agt------t- B: aattaaaaaagtttagaaaaataaaagctttatgaaaagttaaaaagcgagtgggaagtc ==========^^^^ ^^^^^ ^^^^ ^^ ^ ^^^^^^^ ^ ^^^^^^ ^ A: a---aaaa--gattaaaccccctaaaaag-g-g-----a-----g---t---ttaaaaag B: agcgaaaaaagattaaacccccaaaaaagagagggttcaaaaaagaaatcccttaaaaag ^^^ ^^ ^ ^ ^ ^^^^^ ^^^^^ ^^^ ^^^ A: 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^ ^ ^======= A: cct B: cct === 26109 26346 38 none 1 1 Errors = 1 A: gtcttgggcgtgtgatcctgg B: gtcttgggcgcgtgatcctgg ==========^========== 26148 26385 22 none 1 1 Errors = 1 A: gctctaaaagctgagcgcacc B: gctctaaaagttgagcgcacc ==========^========== 26171 26408 81 none 1 1 Errors = 1 A: cctacggttcggccaatgaca B: cctacggttctgccaatgaca ==========^========== 26253 26490 59 none 1 1 Errors = 1 A: aatccacattagggtagagat B: aatccacattggggtagagat ==========^========== 26331 26568 23 none 19 19 Errors = 4 A: ccactttcgcggcgatttcgctcaacctctcgtccattt B: ccactttcgcagcgatttcgctcaagcgttcgtccattt ==========^ ^ ^^========== 26388 26625 71 none 34 34 Errors = 5 A: cgcctttttggtgcagttcgtctttcaagccttttaagattttagcgcgcggat B: cgcctttttgatgcagttcatctttcagaccttttaagatttttgcgcgcggat ==========^ ^ ^^ ^========== 26463 26700 20 none 4 4 Errors = 2 A: ttttgtctttcactcgcgcgatgt B: ttttgtcttttacgcgcgcgatgt ==========^ ^========== 26484 26721 83 none 1 1 Errors = 1 A: atttatccacatttttcacat B: atttatccacgtttttcacat 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^========== 28949 29180 26 none 13 13 Errors = 2 A: atgtggttttgttcattttaacggcgatctttt B: atgtggttttattcattttaacagcgatctttt ==========^ ^========== 28976 29207 28 none 1 1 Errors = 1 A: tcatgcttttggtgagttatt B: tcatgcttttagtgagttatt ==========^========== 29005 29236 117 none 1 1 Errors = 1 A: cattatagcgcggctgtcatt B: cattatagcgtggctgtcatt ==========^========== 29144 29375 24 none 22 22 Errors = 3 A: acgaccctaaagatcaaaaaagcgtaaccgtttatcgtaacg B: acgaccctaaggatcaaaaaagcgtgaccgtctatcgtaacg ==========^ ^ ^========== 29169 29400 43 none 1 1 Errors = 1 A: cacgcgctttagcttcccttt B: cacgcgctttggcttcccttt ==========^========== 29229 29460 20 none 17 17 Errors = 2 A: atatttcagccctcgctcaaagtttaatcaatcagca B: atatttcagctctcgctcaaagtttagtcaatcagca ==========^ ^========== 29261 29492 47 none 12 12 Errors = 2 A: agtggaagtgaaatactatggttggcggatca B: agtggaagtgcaatactatggctggcggatca ==========^ ^========== 29343 29574 22 none 35 35 Errors = 7 A: tttttttaaagcccttaaaagagagcactgacatttcaaagcccatttttagctg B: tttttttaaaacccttaaaagagagcgatgagatgtcaaaacccgtttttagctg ==========^ ^^ ^ ^ ^ ^========== 29396 29627 24 none 31 31 Errors = 7 A: ttttatacgctttgctgttaatgggcttttttatcagcgcgcgttctgttt B: ttttatacgccctgctactagtgggcttttttatcagtgcacgttctgttt ==========^^ ^^ ^ ^ ^========== 29437 29668 44 none 17 17 Errors = 3 A: tttatttaagagcaaagctcattaaaacttttaggct B: tttatttaagggcaaagctcattaattcttttaggct ==========^ ^^========== 29482 29713 28 none 1 1 Errors = 1 A: attggagcgtgtattaaaaag B: attggagcgtttattaaaaag ==========^========== 29541 29772 20 none 31 31 Errors = 5 A: agggcaagctgatgctgtgaaaagcggtgttgtttccttttaaattgatag B: agggcaagctcacgctgtaaaaagcggtgttgtttcctctcaaattgatag ==========^ ^ ^ ^ ^========== 29597 29828 27 none 36 36 Errors = 5 A: cgattttatagtctagttggtgggatttcaataaaaaatcattcagcaaacaatca B: cgattttataatctaattggtaggatttcaataaaaagtcattcaacaaacaatca ==========^ ^ ^ ^ ^========== 29625 29856 35 none 1 1 Errors = 1 A: agcccaaattgtcatggctaa B: agcccaaattatcatggctaa ==========^========== 29661 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aatctgtcggcgaaatgaagcaataacccgcatcgg B: aatctg-ag---a--taaagcaataccccgcatcgg ^^ ^^^ ^^ ^ ^========== Region: 25933 .. 30460 26129 .. 30706 330 / 4578 7.21% # 31536 31689 44 none - - 31734 31878 23 none 154 145 Errors = 53 A: gtagtccgctcgcaatctt-tttataaatgctgat-aagattagaactctcaattgtaga B: gtagtccgcttttgattttattgacaa-tgct-attgagattagagctttcaatcgtgga ==========^^^^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^^ ^ ^ ^ ^ A: -gcctttaatagtcttgtggctcatatcatatttaagtcgtgagatttcatc-gccaaca B: agc-tttaatagtctcttg-ttggt-t--t-tt-aagtcgtgagagttc-tctgccataa ^ ^ ^^ ^^ ^^ ^ ^^ ^ ^ ^ ^ ^ ^^ A: gcatctaaaaacttgcttaagggcatcgccttaccaagcaccctaacgctaggtttat B: gcgtctaaagtttcgcttaaag--at-aagttatctttcactctcactctaggtttat ^ ^^^ ^ ^ ^^ ^^^^ ^ ^^^ ^ ^ ^========== 31824 31971 25 none 67 70 Errors = 13 A: gtctagctaacttcctgtccgctaacgctttatcaatagatgctgtcaaagaagtgtttc B: gtctagctaatttcttgtccgctaacgccttatcaatagctgatgtcaaggaagtgttcc ==========^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ A: ttttcggctcatca--a-caaattctaaaa B: tttgtggctcatcatcaaccaattctaaaa ^^ ^^ ^ ^========== 31868 32018 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taaaagaatgtatgcgagttgttttgagagcgtgggcg B: taaaaaaatgtatgcgagttacttggatagcgtgggcg ^ ^^ ^ ^========== 33019 33137 21 none 16 16 Errors = 8 A: tgcttattttaatgctagatcaccccgattgttacg B: tgcttattttcattttagaatacgatgattgttacg ==========^ ^^ ^^ ^^^========== 33125 33246 21 none 85 88 Errors = 21 A: ttcaaaactcatggatagttttggcatcgctcgtttgtatt-ctaatcctgctttattgg B: ttcaaaactcctggatagttttggcatcactcgttcgtatttcaagtcc-gctttattgg ==========^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ A: atttggataacc--a-tggtattcctaatgacattaatgataatgaaga B: attttgataaccctaatgatattaatgataacgacattaataatgaaga ^ ^^ ^ ^ ^^ ^ ^ ^^^ ^ ^========== 33196 33317 47 none 50 50 Errors = 6 A: gcgcccaaaaacactcccttaaaaaaatacgctaaaaatttgagcgctttagcccaagac B: gcgcccaaaagcactcccctaaaaaaatacactaaaaacttgagcgctttagcccaaaat ==========^ ^ ^ ^ ^ ^ A: aacgctttag B: aacgctttag ========== 33265 33386 47 none 22 22 Errors = 3 A: ttttaagagtgatagaaattttagggcgcagaaaaaagaata B: ttttaagagtcatcgaaattttagggcgcaggaaaaagaata ==========^ ^ ^========== 33313 33434 68 none 1 1 Errors = 1 A: 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^ ^^^========== 67167 64611 31 none 1 1 Errors = 1 A: gaatcatggcgagacgctagg B: gaatcatggcaagacgctagg ==========^========== 67240 64684 90 none 42 42 Errors = 6 A: tagcgaggtgctggataatttgaaaagcactttcaatgaatttgatgaagctgcgcaaga B: tagcgaggtgttggataacttgaaaggcactttcaatgaatttaatgaggccgcgcaaga ==========^ ^ ^ ^ ^ ^======== A: gc B: gc == 67360 64804 22 none 30 30 Errors = 5 A: ggaaaacggatacagaagaagtcaaagaggttgttaaaaaatgcagggaa B: ggaaaacggacacagaagaagtcaaaaaggttgttggaagatgcagggaa ==========^ ^ ^^ ^========== 67385 64829 76 none 3 3 Errors = 2 A: taaaagatccttacaagaagaaa B: taaaagatccctgcaagaagaaa ==========^ ^========== 67671 65121 26 none 210 216 No extension Region: 63904 .. 67460 61369 .. 64904 417 / 3557 11.72% 67775 65225 22 none 78 78 Errors = 19 A: tgaaatctacgccactcaagccaaagcgagcgcggaacttgtagaggga-gcttggaaga B: tgaaatctactcgaatcaagccaaagcgagcgcgaatcttat-gaatcaagcttgggagg ==========^ ^ ^ ^ ^ ^ ^ ^^^ ^ ^ ^ A: gcgttaaaaagtcgttggacttttataccgataagcacc B: 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